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Os efeitos tanto da técnica de ECT quanto da EMT consiste na despolarização neuronal, a qual pode ser provocada de duas maneiras: por estímulo elétrico e por estímulo magnético.
A estimulação elétrica do cérebro pode ser feita diretamente, como, por exemplo, durante procedimentos neurocirúrgicos, mas apenas com utilidade em estudos neurofisiológicos.A estimulação elétrica do cérebro feita de forma indireta com a eletroconvulsoterapia (ECT) já se consagrou no tratamento de vários transtornos psiquiátricos, mas tendo como principais limitações a deflexão que sofre o estímulo elétrico dada a resistência da calota craniana e pelo tecido que a envolve até atingir o tecido nervoso. Para atravessar esta resistência e atingir o tecido cerebral, portanto, é necessário que se utilize uma carga elétrica relativamente alta, gerando uma estimulação é dolorosa. Ademais, a própria convulsão que se pretende induzir pelo estímulo elétrico demanda uma indução anestésica geral de curta duração para a sua aplicação <ref>[Rosa, Moacyr Alexandro, et al. "Eletroconvulsoterapia e estimulação magnética transcraniana: semelhanças e diferenças." Archives of Clinical Psychiatry (São Paulo) 31 (2004): 243-250]</ref>A EMT, por sua vez, apresenta vantagens sobre ECT, por poder ser realizada em regime ambulatorial e não requer indução anestésica. Destacam-se ainda como pontos positivos, por não haver indução de crises convulsivas, não ocasionar dores musculares, assim como dirimir os riscos de efeitos cognitivos. Também não carrega o mesmo estigma que se construiu sobre a ECT.A ECT atual utiliza ondas de pulso-breve bifásicas; já a forma de onda induzida pela EMTr é mais complexa e pode variar muito entre os estimuladores disponíveis, o que demonstra ainda uma carência de consenso terapêutico. Além disso, devido às limitações da bobina e dos capacitores, a duração do campo elétrico induzido pela EMTr é extremamente breve (0,2 a 1 ms), enquanto que a duração do pulso para ECT está na ordem de 0,25 a 2 ms).Por outro lado, devido dissipação da energia, a densidade de corrente intracerebral produzida pela ECT é intrinsecamente menos focal que a produzida pela EMTr, embora com variações na aplicação (bilateral x unilateral) pode-se concentrar o estímulo num dos hemisférios cerebrais. Já na EMTr, a profundidade de penetração do estímulo depende da energia do estimulador, da geometria da bobina e de sua orientação, entre outros; os aparelhos modernos restringe-se a estimular o córtex, com limite na junção da substância cinzenta com a branca. A ECT, em contraste, atinge uma maior profundidade que a EMTr, alcançando áreas diencefálicas.O principal parâmetro para individualizar a carga em ECT é o limiar convulsígeno, sendo a carga, em geral, dosada em termos de porcentagem deste limiar. Para a EMTr, o parâmetro utilizado atualmente é o limiar motor - importante para determinar o risco de uma crise convulsiva, mas carecem evidências para determinação da carga ideal para o efeito terapêutico <ref>[Rosa, Moacyr Alexandro, et al. "Eletroconvulsoterapia e estimulação magnética transcraniana: semelhanças e diferenças." Archives of Clinical Psychiatry (São Paulo) 31 (2004): 243-250]</ref>.
== ASPECTOS CLÍNICOS ==
Enquanto a maior parte dos protocolos de ECT recomendam aplicação três vezes por semana, para a EMTr ainda não está definido protocolo específico. Assim como existe uma certa fugacidade nos efeitos da ECT que demandam a continuação e manutenção do tratamento (farmacológica ou com ECT) após a melhora clínica, a duração dos efeitos benéficos da EMTr não é bem estabelecida, e os dados existentes sugerem também um efeito fugaz. Existe informação limitada sobre a eficácia da EMTr como tratamento de continuação ou manutenção ou sobre a possibilidade de medicações sustentarem os efeitos terapêuticos alcançados.