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A ECT atual utiliza ondas de pulso-breve bifásicas; já a forma de onda induzida pela EMTr é mais complexa e pode variar muito entre os estimuladores disponíveis, o que demonstra ainda uma carência de consenso terapêutico. Além disso, devido às limitações da bobina e dos capacitores, a duração do campo elétrico induzido pela EMTr é extremamente breve (0,2 a 1 ms), enquanto que a duração do pulso para ECT está na ordem de 0,25 a 2 ms).
Por outro lado, devido dissipação da energia, a densidade de corrente intracerebral produzida pela ECT é intrinsecamente menos focal que a produzida pela EMTr, embora com variações na aplicação (bilateral x unilateral) pode-se concentrar o estímulo num dos hemisférios cerebrais. Já na EMTr, a profundidade de penetração do estímulo depende da energia do estimulador, da geometria da bobina e de sua orientação, entre outros; os aparelhos modernos restringe-se a estimular o córtex, com limite na junção da substância cinzenta com a branca. A ECT, em contraste, atinge uma maior profundidade que a EMTr, alcançando áreas diencefálicas.
O principal parâmetro para individualizar a carga em ECT é o limiar convulsígeno, sendo a carga, em geral, dosada em termos de porcentagem deste limiar. Para a EMTr, o parâmetro utilizado atualmente é o limiar motor - importante para determinar o risco de uma crise convulsiva, mas carecem evidências para determinação da carga ideal para o efeito terapêutico <ref>[Rosa, Moacyr Alexandro, et al. "Eletroconvulsoterapia e estimulação magnética transcraniana: semelhanças e diferenças." Archives of Clinical Psychiatry (São Paulo) 31 (2004): 243-250]</ref>.
Enquanto a maior parte dos protocolos de ECT recomendam aplicação três vezes por semana, para a EMTr ainda não está definido protocolo específico. Assim como existe uma certa fugacidade nos efeitos da ECT que demandam a continuação e manutenção do tratamento (farmacológica ou com ECT) após a melhora clínica, a duração dos efeitos benéficos da EMTr não é bem estabelecida, e os dados existentes sugerem também um efeito fugaz. Existe informação limitada sobre a eficácia da EMTr como tratamento de continuação ou manutenção ou sobre a possibilidade de medicações sustentarem os efeitos terapêuticos alcançados.
Uma série de experimentos no início da história da ECT sugeriu que a indução de uma convulsão generalizada seria crítica para a eficácia da ECT na depressão maior, mania aguda e esquizofrenia, o que indica que a estimulação elétrica pode ser um meio de induzir o efeito terapêutico através da convulsão, este dependente também da carga total fornecida.Embora com indicações diferentes, a EMTr parece não requerer a crise convulsiva para os efeitos terapêuticos, especialmente no que se refere ao tratamento da depressão. Se a EMTr tem efeitos antidepressivos clinicamente significativos, estes também vão depender do local e da intensidade da estimulação, já que a estimulação é subconvulsiva.
