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Também é indicado para a profilaxia da rejeição de órgãos em pacientes adultos com risco imunológico baixo a moderado que receberam transplante alogênico de rim, coração ou fígado. O everolimo pertence ao grupo de medicamentos conhecidos como imunossupressores (os imunossupressores reduzem a atividade do sistema de defesa do seu organismo e são essenciais para ajudar na prevenção da rejeição dos órgãos transplantados). Esse efeito se dá pela inibição da proliferação das células T ativadas pelo antígeno, e conseqüentemente da expansão clonal, controladas por interleucinas células T-específicas como interleucina 2 e interleucina 15 <ref> [http://www.portal.novartis.com.br/UPLOAD/ImgConteudos/1767.pdf Bula do Medicamento Certican] </ref><ref>[http://www.furp.sp.gov.br/arquivos/produtos/bulas/paciente/75/EVEROLIMO_BPAC_COM_REV01.pdf Bula do medicamento]</ref>.