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→EFEITOS FISIOLÓGICOS
Os efeitos tanto da técnica de ECT quanto da EMT consiste na despolarização neuronal, a qual pode ser provocada de duas maneiras: por estímulo elétrico e por estímulo magnético.
A estimulação elétrica do cérebro pode ser feita diretamente, como, por exemplo, durante procedimentos neurocirúrgicos, mas apenas com utilidade em estudos neurofisiológicos.
A estimulação elétrica do cérebro feita de forma indireta com a eletroconvulsoterapia (ECT) já se consagrou no tratamento de vários transtornos psiquiátricos, mas tendo como principais limitações a deflexão que sofre o estímulo elétrico dada a resistência da calota craniana e pelo tecido que a envolve até atingir o tecido nervoso. Para atravessar esta resistência e atingir o tecido cerebral, portanto, é necessário que se utilize uma carga elétrica relativamente alta, gerando uma estimulação é dolorosa. AdemaisAssim, a própria convulsão que se pretende induzir pelo estímulo elétrico demanda uma indução anestésica geral de curta duração para a sua aplicação <ref>[Rosa, Moacyr Alexandro, et al. "Eletroconvulsoterapia e estimulação magnética transcraniana: semelhanças e diferenças." Archives of Clinical Psychiatry (São Paulo) 31 (2004): 243-250]</ref>
A EMT, por sua vez, apresenta vantagens sobre ECT, por poder ser realizada em regime ambulatorial e não requer indução anestésica. Destacam-se ainda como pontos positivos, por não haver indução de crises convulsivas, não ocasionar dores musculares, assim como dirimir os riscos de efeitos cognitivos. Também não carrega o mesmo estigma que se construiu sobre a ECT.
A ECT atual utiliza ondas de pulso-breve bifásicas; já a forma de onda induzida pela EMTr é mais complexa e pode variar muito entre os estimuladores disponíveis, o que demonstra ainda uma carência de consenso terapêutico. Além disso, devido às limitações da bobina e dos capacitores, a duração do campo elétrico induzido pela EMTr é extremamente breve (0,2 a 1 ms), enquanto que a duração do pulso para ECT está na ordem de 0,25 a 2 ms).
Por outro lado, devido dissipação da energia, a densidade de corrente intracerebral produzida pela ECT é intrinsecamente menos focal que a produzida pela EMTr, embora com variações na aplicação (bilateral x unilateral) pode-se concentrar o estímulo num dos hemisférios cerebrais. Já na EMTr, a profundidade de penetração do estímulo depende da energia do estimulador, da geometria da bobina e de sua orientação, entre outros; os aparelhos modernos restringe-se a estimular o córtex, com limite na junção da substância cinzenta com a branca. A ECT, em contraste, atinge uma maior profundidade que a EMTr, alcançando áreas diencefálicas.
O principal parâmetro para individualizar a carga em ECT é o limiar convulsígeno, sendo a carga, em geral, dosada em termos de porcentagem deste limiar. Para a EMTr, o parâmetro utilizado atualmente é o limiar motor - importante para determinar o risco de uma crise convulsiva, mas carecem evidências para determinação da carga ideal para o efeito terapêutico.
A ECT tem efeito no limiar convulsivo (que aumenta com a seqüência de aplicações), e existe a hipótese de que esta atividade anticonvulsivante possa ser importante para a sua eficácia terapêutica. A ECT também resulta em uma diminuição do fluxo sanguíneo cerebral regional e da taxa metabólica cerebral de glicose, além de produzir um grande aumento na atividade de ondas lentas no EEG de repouso, podendo indicar efeitos de neuroproteção por reduzir a excitabilidde neuronal.
Já os efeitos da EMT no limiar convulsígeno são variáveis e podem depender dos parâmetros utilizados e da periodicidade da estimulação; embora pouco examinados na EMT, os efeitos no limiar convulsivo podem estar também relacionados a mudanças neurofisiológicas semelhantes às da ECT.