Independentemente do Grupo, o fornecimento de medicamentos padronizados no CEAF deve obedecer aos critérios de diagnóstico, indicação de tratamento, inclusão e exclusão de pacientes, esquemas terapêuticos, monitoramento, acompanhamento e demais parâmetros contidos nos Protocolos Clínicos e Diretrizes Terapêuticas (PCDT) estabelecidos pelo Ministério da Saúde, de abrangência nacional.
'''Acesse aqui a [http://portalarquivos.saude.gov.br/images/pdf/2017/marco/20/Tabela-de-Situacoes-Clinicas-marco-2017.pdf tabela 2] do elenco de medicamentos do CEAF que contém as situações clínicas e seus respectivos medicamentos, assim como o grupo de financiamento. '''
Como resultado do compromisso do Ministério da Saúde em atualizar permanentemente as suas relações de medicamentos, após pactuação na Comissão Intergestores Tripartite, publicou-se a [http://bvsms.saude.gov.br/bvs/saudelegis/gm/2013/prt1554_30_07_2013.html Portaria GMS/MS nº 1.554, de 30 de julho de 2013], que passa a ser o novo marco regulatório do CEAF. Esta Portaria mantém os conceitos originais, mas inova nos seguintes aspectos: