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[[Atomoxetina]] não deve ser utilizada em combinação com inibidores da monoaminooxidase (IMAOs). Também não é indicada para pessoas com glaucoma de ângulo fechado, perturbações cardiovasculares (hipertensão grave, insuficiência cardíaca, doença oclusiva arterial, angina, doença cardíaca congênita hemodinamicamente significativa, cardiomiopatias, enfarte do miocárdio, arritmias) ou cerebrovasculares graves (aneurisma cerebral ou AVC)<ref>[http://www.infarmed.pt/infomed/download_ficheiro.php?med_id=40593&tipo_doc=rcm] Bula do medicamento</ref>.
Foram notificados comportamentos suicidas em pessoas que fizeram uso de atomoxetina. Também foram relatados casos em que atomoxetina afetou o ritmo cardíaco e a pressão arterial o que, em longo prazo, pode contribuir para conseqüências clínicas, tais como hipertrofia do miocárdio. Lesões hepáticas, convulsões, episódios depressivos, sintomas maníacos ou psicóticos e comportamento agressivo foram evidenciados em pacientes em uso de atomoxetina <ref>[http://www.infarmed.pt/infomed/download_ficheiro.php?med_id=40593&tipo_doc=rcm] Bula do medicamento</ref>.