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Os medicamentos que constituem as linhas de cuidado para as doenças contempladas neste Componente estão divididos em três grupos com características, responsabilidades e formas de organização distintas.
O '''Grupo 1''' é aquele cujo financiamento está sob a responsabilidade exclusiva da União. É constituído por medicamentos que representam elevado impacto financeiro para o Componente, por aqueles indicados para doenças mais complexas, para os casos de refratariedade ou intolerância a primeira e/ou a segunda linha de tratamento e por aqueles que se incluem em ações de desenvolvimento produtivo no complexo industrial da saúde.
'''Grupo 1A''' - medicamentos com aquisição centralizada pelo Ministério da Saúde e,
'''Grupo 1B''' - medicamentos adquiridos pelos estados com transferência de recursos financeiros pelo Ministério da Saúde, na modalidade Fundo a Fundo.
''A responsabilidade pelo armazenamento, distribuição e dispensação dos medicamentos do Grupo 1 (1A e 1B) é das Secretarias Estaduais de Saúde''. O '''Grupo 2''' é constituído por medicamentos, cuja responsabilidade pelo financiamento é das Secretarias Estaduais de Saúde. O '''Grupo 3''' é constituído por medicamentos, cuja responsabilidade pelo financiamento é tripartite, sendo a aquisição e dispensação de responsabilidade dos municípios sob regulamentação da [http://www.saude.pr.gov.br/arquivos/File/0DAF/Portaria15552013CBAF.pdf Portaria GM/MS nº 1.555, de 30 de julho de 2013], que aprova a Assistência Farmacêutica na Atenção Básica.
Independentemente do Grupo, o fornecimento de medicamentos padronizados no CEAF deve obedecer aos critérios de diagnóstico, indicação de tratamento, inclusão e exclusão de pacientes, esquemas terapêuticos, monitoramento, acompanhamento e demais parâmetros contidos nos Protocolos Clínicos e Diretrizes Terapêuticas (PCDT) estabelecidos pelo Ministério da Saúde, de abrangência nacional.