Ademais, não há sequer um consenso sobre um protocolo único para a aplicação clínica. Isso se deve à variação dos parâmetros que podem ser aplicados em comprimento de onda, energia, fluência, potência, duração do tratamento e repetição.
A laserterapia teve uma avaliação preliminares na Conitec, mas até o momento não se decidiu pela incorporação no SUS. Em 13/05/2017, na sua 55a reunião, os membros do Plenário da CONITEC realizaram questionamento sobre a demanda de laserterapia para prevenção e tratamento da mucosite oral. O técnico do Departamento de Gestão de Incorporação de Tecnologias em Saúde esclareceu que a laserterapia é recomendada pelas Diretrizes Diagnósticas e Terapêuticas do Câncer de Cabeça e Pescoço (Portaria SAS/MS nº 516, de 17 de junho de 2015) para o tratamento precoce da mucosite oral. Os membros presentes na reunião solicitaram a apresentação de uma análise de impacto orçamentário da incorporação da laserterapia no SUS pelo demandante nesta indicação e a trouxesse em reunião posterior para subsidiar a tomada de decisão, e, até o momento, não há novas informações.http://antigo-conitec.saude.gov.br/images/Reuniao_Conitec/Ata_55_Reunia_final.pdf Conforme o Protocolo Clínico e Diretrizes Terapêuticas - PCDT - sobre dor crônica, da Comissão Nacional de Incorporação de Tecnologias no SUS (CONITEC), em nova Portaria de 23/08/2024, "existe um limitado corpo de evidência científica que suporta os benefícios do uso de modalidades físicas para o tratamento da dor crônica. A exceção é a laserterapia de baixa potência, que mostrou algum benefício em estudos maiores, como o alívio da dor e melhora da qualidade de vida. Entretanto, como a efetividade em mais de três meses após o tratamento é incerta e não há estudos de custo efetividade, o uso da laserterapia de baixa potência não é recomendado neste PCDT."https://www.gov.br/saude/pt-br/assuntos/pcdt/d/dor-cronica/view