A patogenia da lesão da mucosa gástrica pelos anti-inflamatórios não esteroidais, o que inclui o ácido acetilsalicílico, tem sido alvo de várias teses publicadas na literatura médica mundial.
A tese mais difundida está relacionada com a redução da síntese gástrica das prostaglandinas, através da supressão dos inibidores seletivos da ciclooxigenase (COX 1 e COX 2) e, também, por causa da irritação tópica. Estes factores fatores levam ao decréscimo do fluxo sanguíneo, danos no epitélio e aumento do número de neutrófilos aderentes ao endotélio vascular. Todos eles, no seu conjunto, contribuem para a lesão da mucosa gástrica
Com o objetivo de diminuir a irritação tópica no estômago, algumas marcas apresentam formulações em que os comprimidos possuem um revestimento ácido-resistente que fazem que o medicamento seja liberado somente no intestino, o que melhora sua tolerabilidade gástrica. É o caso da marca AAS Protect, do Laboratório Sanofi Aventis.