(3) alguma substância desconhecida na urina que danifica a bexiga;
(4) mudanças nos nervos que transportam as sensações da bexiga, de forma que estímulos que não deveriam causar dor passam a causa-la; e/ou
(5) o sistema imunológico do corpo humano agride a bexiga, à semelhança de outras doenças autoimunes<ref> [http://uronline.com.br/?faq=cistite-intersticial-sindrome-da-bexiga-dolorosa Cistite Intersticial / Síndrome da Bexiga Dolorosa] </ref>.
É provável que haja diferentes causas em grupos diferentes de pacientes com cistite intersticial. Também é possível que um desses processos estimule o outro (por exemplo, um defeito no epitélio da bexiga que leva à inflamação e estímulo dos mastócitos). Estudos recentes mostram que os pacientes com cistite intersticial podem apresentar uma substância na urina que inibe o crescimento de células no epitélio da bexiga. Desta forma, algumas pessoas podem se tornar predispostas a desenvolver cistite intersticial após uma lesão à bexiga, como a causada por uma infecção, por exemplo.