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É contra-indicada em casos de gravidez e lactação. Além disto, não é aconselhável administrar fluoxetina no mínimo por 5 semanas antes ou depois do uso de IMAO, devido ao risco de interação grave, com síndrome serotoninérgica. É aconselhável evitar o uso concomitante de outras drogas que agem no SNC.
Em relação a outras interações medicamentosas, envolvendo o uso concomitante com fluoxetina, pode haver prolongamento da meia-vida do diazepam. Drogas que se ligam fortemente às proteínas plasmáticas (cumadina, digitoxina) podem concorrer com a fluoxetina nessa ligação, aumentando o risco de efeitos adversos de uma ou de outra droga <ref> http://www.psiqweb.med.br/farmaco/isrs.html> revisto em 2003. Acesso em 02/06/2006 </ref>.
== Padronização no SUS ==
