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O medicamento [[Minociclina, cloridrato|cloridrato de minociclina]] está indicado no tratamento das seguintes infecções causadas por cepas susceptíveis dos microorganismos relacionados: febre maculosa, tifo murino, febre causada por rickettsias; infecções do trato respiratório causadas por ''Mycoplasma pneumoniae''; linfogranuloma venéreo, psitacose, tracoma e conjuntivite de inclusão. Uretrite não-gonocócica e infecções endocervicais ou retais em adultos causadas por ''Chlamydia trachomatis'' ou ''Ureaplasma urealyticum''; Febre recorrente causada por ''Borrelia recurrentis'', cancróide causado por ''Haemophilus ducreyi''; Peste causada por ''Yersinia pestis'' ou Tularemia devida à ''Francisella tularensis''; Cólera causada por ''Vibrio cholerae''; brucelose devido a espécies de ''Brucella'' (associada à estreptomicina); Bartonelose e granuloma inguinal.
É também indicado no tratamento de infecções causadas pelos seguintes microorganismos gram-negativos quando os testes bacteriológicos indicarem susceptibilidade ao produto: ''Escherichia coli'', ''Enterobacter aerogenes'', Espécies de ''Shigella'', Espécies de ''Acinetobacter''; infecções do trato respiratório causadas por ''Haemophilus influenzae''; infecções do trato respiratório e urinário causadas por espécies de ''Klebsiella''.
O [[Minociclina, cloridrato|cloridrato de minociclina]] está indicada no tratamento de infecções causadas pelos seguintes microorganismos gram-positivos quando testes bacteriológicos indicarem susceptibilidade adequada à droga: infecções do trato respiratório superior causadas por ''Streptococcus pneumoniae''; infecções da pele e anexos cutâneos causadas por ''Staphylococcus aureus''. A minociclina não é a droga de escolha no tratamento de qualquer tipo de infecção estafilocócica. Uretrites não complicadas no homem causadas por ''Neisseria gonorrhoeae'' e para o tratamento de outras infecções gonocócicas quando a penicilina for contra-indicada. Quando a penicilina estiver contra-indicada, a minociclina representa uma droga alternativa no tratamento das seguintes infecções: infecções em mulheres causadas por ''Neisseria gonorrhoeae'', Bouba, listeriose, carbúnculo, Infecção de Vincent, actinomicose e Infecções causadas por espécies de ''Clostridium''.
Na amebíase intestinal aguda, o [[Minociclina, cloridrato|cloridrato de minociclina]] pode ser um útil coadjuvante dos amebicidas. Na acne grave, a minociclina pode representar uma terapia coadjuvante de utilidade.
O [[Minociclina, cloridrato|cloridrato de minociclina]] é indicada no tratamento de portadores assintomáticos de ''Neisseria meningitidis'', para eliminar os meningococos da nasofaringe. A fim de prescrever a utilidade da minociclina no tratamento desses portadores, procedimentos laboratoriais de diagnósticos incluindo sorotipagem e de susceptibilidade devem ser realizados para caracterizar o estado de portador e instituir tratamento correto.
Recomenda-se que esse uso profilático seja reservado para as situações nas quais o risco de meningite meningocócica for significativo. O [[Minociclina, cloridrato|cloridrato de minociclina]] oral ''não está indicada'' para o tratamento da infecção meningocócica. Embora nenhum estudo de eficácia clínica controlado tenha sido realizado, dados clínicos limitados mostram que a minociclina oral foi utilizada com sucesso no tratamento de infecções causadas por ''Mycobaterium marinum'' <ref>[http://www.anvisa.gov.br/datavisa/fila_bula/index.asp Bula do medicamento Cloridrato de minociclina - Bula do profissional] Acesso 11/05/2020</ref>.
