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[[Atomoxetina]] não deve ser utilizada em combinação com inibidores da monoaminooxidase (IMAOs). Também não é indicada para pessoas com glaucoma de ângulo fechado, perturbações cardiovasculares (hipertensão grave, insuficiência cardíaca, doença oclusiva arterial, angina, doença cardíaca congênita hemodinamicamente significativa, cardiomiopatias, enfarte do miocárdio, arritmias) ou cerebrovasculares graves (aneurisma cerebral ou AVC)<ref>[http://www.infarmed.pt/infomed/download_ficheiro.php?med_id=40593&tipo_doc=rcm] Bula do medicamento</ref>.
Foram notificados alguns efeitos colaterais relacionados ao uso de atomoxetina, tais como comportamentos comportamento suicidas, ritmo cardíaco e a pressão arterial alterados (o que, em longo prazo, pode contribuir para conseqüências clínicas, tais como hipertrofia do miocárdio), lesões hepáticas, convulsões, episódios depressivos, sintomas maníacos ou psicóticos e comportamento agressivo<ref>[http://www.infarmed.pt/infomed/download_ficheiro.php?med_id=40593&tipo_doc=rcm] Bula do medicamento</ref>.
'''Transtorno de déficit de atenção / hiperatividade (TDAH)'''