Na parte da norma que trata do processo propriamente dito, temos que a A incorporação, a exclusão e a alteração pelo SUS de tecnologias em saúde e a constituição ou alteração de protocolos clínicos e diretrizes terapêuticas dependerá de processo administrativo próprio, bem como que este será público, ressalvadas as informações protegidas por lei ou natureza jurídica.
Conforme lançado no regulamento, os critérios que serão levados em conta para a elaboração do relatório final da CONITEC são: