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O medicamento '''doxiciclina''' é indicado para o tratamento das seguintes infecções: febre das Montanhas Rochosas, febre tifoide e do grupo tifoide; febre Q, ''rickettsiose'' e febre do carrapato causada por ''Rickettsia''; infecção respiratória causada por ''Mycoplasma pneumoniae''; psitacose causada por ''Chlamydia psittaci''; linfogranuloma venéreo causado por ''Chlamydia trachomatis''; uretrite não complicada, endocervicites ou infecções retais em adultos causadas por ''Chlamydia trachomatis''; tracoma causado por ''Chlamydia trachomatis'', embora o agente infeccioso não seja sempre eliminado como observado pela imunofluorescência; a conjuntivite de inclusão causada por ''Chlamydia trachomatis'' pode ser tratada com doxiciclina oral isolada ou em associação com agentes tópicos; orquiepididimite aguda, causada por ''Chlamydia trachomatis'' ou ''Neisseria gonorrhoeae''; granuloma inguinal (donovanose) causado por ''Calymmatobacterium granulomatis''; estágios iniciais (I e II) da doença de Lyme causado por ''Borrelia burgdorferi''; febre recorrente causada por ''Borrelia recurrentis'' transmitida pelo piolho; febre recorrente causada por ''Borrelia duttonii'' transmitida pelo carrapato; uretrite não gonocócica causada por ''Ureaplasma urealyticum'' (micoplasma-T).
Além disso, é indicado para o tratamento de infecções causadas por microrganismos gram-negativos como: ''Acinetobacter spp.''; ''Bacteroides spp.''; ''Fusobacterium spp.''; brucelose causada por''Brucella spp.'' (em associação a estreptomicina); peste causada por ''Yersinia pestis''; tularemia causada por ''Francisella tularensis''; bartonelose causada por ''Bartonella bacilliformis''; ''Campylobacter fetus''; ''Shigella spp.''; gonorreia não complicada causada por ''Neisseria gonorrhoeae''; infecções respiratórias causadas por ''Haemophilus influenzae''; infecções respiratórias e urinárias causadas por ''Klebsiella spp.''; ''Escherichia coli''; ''Enterobacter aerogenes''; e ''Moraxella catarrhalis''.
A '''doxiciclina''' é indicada para o tratamento de infecções causadas pelos seguintes microrganismos gram-positivos quando os testes bacteriológicos indicarem suscetibilidade adequada ao fármaco:
Quando a penicilina é contraindicada, a '''doxiciclina''' é um fármaco alternativo no tratamento de: actinomicose causada por ''Actinomyces spp.''; infecções causadas por ''Clostridium spp.''; sífilis causada por ''Treponema pallidum'' e bouba causada por ''Treponema pertenue''; listeriose causada por ''Listeria monocytogenes''; infecção de Vincent (gengivite ulcerativa aguda com necrose) causado por ''Leptotrichia buccalis'' (anteriormente ''Fusobacterium fusiform'').
A '''doxiciclina''' é utilizada também como tratamento adjuvante para amebíase intestinal aguda e acne grave causada por ''Acne vulgaris''; para tratamento e profilaxia de malária causada por ''Plasmodium falciparum'' (em áreas com malária ''P. falciparum'' resistente à cloroquina), leptospirose causada pelo gênero ''Leptospira'', e cólera causada por ''Vibrio cholerae''; e para a profilaxia de tifo causado por ''Rickettsia tsutsugamushi'' e diarreia de viajantes causada por ''Escherichia coli'' enterotoxigênica. <ref>[https://consultas.anvisa.gov.br/#/bulario/q/?numeroRegistro=121100437 Bula do medicamento Vibramicina ® - Bula do Profissional] Acesso em 08/08/2023</ref>.
== Padronização no SUS ==