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Estudo que comparou os inibidores da bomba de prótons concluiu que omeprazol e pantoprazol reduziram, de forma semelhante, os sintomas dos pacientes com esofagite de refluxo. O lansoprazol foi menos efetivo que o omeprazol e o pantoprazol. Entretanto, de acordo com a avaliação
feita pelos pacientes por meio de questionários, as três medicações apresentam mesma eficácia <ref> Agência Nacional de Vigilância Sanitária - ANVISA. Saúde e Economia - Refluxo Gastroesofágico. ANO II, EDIÇÃO Nº 3. MARÇO, 2010 </ref>.
Todos os inibidores da bomba de prótons apresentam eficácia semelhante para o tratamento da dispepsia gástrica <ref>HERRERA, M. C. et al. Inhibidores de la Bomba de Protones: ¿Cuál Debo Usar?. Boletín Farmacoterapéutico de Castilla-La Mancha. 2007</ref>. Representantes dessa classe são similares entre si quando utilizados em doses eqüipotentes, reduzindo em 95% a produção diária de ácido <ref>FUCHS, F. D.; WANNMACHER, L. Farmacologia Clínica: fundamentos da terapêutica racional. 4. ed. Rio de Janeiro: Guanabara Koogan, 2010</ref> <ref>BRASIL, Ministério da Saúde. Secretaria de Ciência, Tecnologia e Insumos Estratégicos. Departamento de Assistência Farmacêutica e Insumos Estratégicos. Uso Racional de Medicamentos: temas selecionados / Ministério da Saúde, Secretaria de Ciência Tecnologia e Insumos Estratégicos, Departamento de Assistência Farmacêutica e Insumos Estratégicos. Brasília: Ministério da Saúde, 2010</ref>. Omeprazol e pantoprazol, bem como esomeprazol, lanzoprazol e rabeprazol, apresentam taxas de cura semelhantes para úlcera, terapia de manutenção para úlceras e para o alívio dos sintomas gastrintestinais, quando utilizados nas doses recomendadas <ref>DIPIRO, J. T. et al. Pharmacotherapy: a pathophysiologic approach. 8.ed. New York: McGrawHill, 2011 </ref>.