Foram notificados alguns efeitos colaterais relacionados ao uso de atomoxetina, tais como comportamento suicida, ritmo cardíaco e pressão arterial alterados (o que, em longo prazo, pode contribuir para hipertrofia do miocárdio), lesões hepáticas, convulsões, episódios depressivos, sintomas maníacos ou psicóticos e comportamento agressivo<ref>[http://www.infarmed.pt/infomed/download_ficheiro.php?med_id=40593&tipo_doc=rcm] Bula do medicamento</ref>.
'''Transtorno de déficit de atenção / hiperatividade (TDAH)'''